一、学习内容不同。
医学专业硕士一般要求学员具有一定得职业背景和一定年限的工作经历（工作经历年限要求多为5年）。
理学硕士是指对于硕士研究生阶段专攻理科方向（如数学、物理、力学、化学、生物学、天文学、地学等专业）的学生的一种专业上的称谓。
二、培养方向不同。
医学专业硕士是为培养医学职业高层次专门人才而设立的专业硕士学位。
理学硕士专门用于培养理科方面的人才。
三、学制不同。
医学硕士可以是七年制，如临床医学七年制是临床医学专业一种新型的教育模式，实行七年本硕连读制度。
理学硕士课程通常安排在学士之后，一般而言全职的硕士课程需要二年的时间，但根据国家及科系不同，有的硕士只要一年就能取得，有的则需要三至四年。
参考资料来源：百度百科-理学硕士