1、舌咽神经痛也易与三叉神经第3支痛相混，在三叉神经痛鉴别常识方面，三叉神经痛与舌咽神经痛的部位不同，为软腭、扁桃体、咽舌壁、舌根及外耳道等处。疼痛由吞菝驹阏萱咽动作诱发。用1%潘妥卡因或可卡因等喷咽区后疼痛可消失。
2、三叉神经半月节区肿瘤可见神经节细胞瘤，脊索瘤，麦氏窝脑膜瘤等，可有持续性疼痛，病人三叉神经感觉、运动障碍明显。颅底X线可能有骨质破坏等改变。
3、三叉神经炎往往在感冒、牙科疾病之后起病，也可能是伤寒、糖尿病、痛风等引起，笔者认为这种十分少见的三叉尴罩鬓锑神经炎较难与原发性三叉神经痛进行鉴别诊断，因为其疼痛部位，疼痛程度与原发性三叉神经痛并无特异性区别。
4、原发性刺戳性头疼临床特征主要为尖锐、短暂和严重的头部刺痛，可以分为单一发作或多次性发作，单一发作指的是一次发作时间小于3秒钟。