1、周围病原学说：任何部分的三叉神经末梢的脑干病变可刺激三叉神经，引起生理功能紊乱和中枢神经系统有机的变化，导致在三叉神经分布区域内的阵发性疼痛的理论范围。
2、中枢病因学说：原发性三叉神经痛的病因?三叉神经系统中枢部的脑内核团，三叉神经脊束核丘脑及大脑皮质均可因周围病变刺激及中枢本身的伤害性刺激，而导致三叉神经痛。
3、病毒感染学说：大脑皮层是最高的中央体感，长期以来，对疼痛的三叉神经系统任何部位的病变，是由大脑皮层反射。如疱疹和带状疱疹病毒感染，路径沿三叉神经系统和侵入皮层脑三叉神经分布对应于三叉神经痛。
4、家族遗传学说：目前已在临床报道，一个7口之家的兄弟姐妹们，其中三叉神经痛6例，2例双侧疼痛。另一个家庭，和3个孩子的母亲和6个孩子患有三叉神经痛，其中2例双侧疼痛。所以想三叉神经痛和遗传。许多研究者认为该病与遗传因素与人类的关系不大。