根据《增值税暂行条例段乒错烊》第八条规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算抵扣进项税额。
因此，超市从农贸公司购买农产品取得的普通发票，可以按上述规定计算进项税额进行抵扣。
扩展资料
抵扣进项税额（非增值税一般纳税人不能抵扣），比如：某增值税一般纳税人购进原材料150 000元，增值税专用发票上注明税额19500元（在开票之日起90日内经过税务部门认证），合计购进总金额为169500元，经过加工、组装后成为一台设备，假设销售收入是234000元。
其中金额是200000元，销项税额是26000元，那么该增值税一般纳税人应该交纳增值税为：26000-19500=6500元，按照实际交纳的增值税，这个6500元相当于增值部分（200000-150000）×13%=6500元。
参考资料来源：百度百科-抵税