1、基础治疗阶段 目的在于选用牙周病常规的治疗方法，清除或控制临床炎症和咬致病因素，包括口腔自洁，拔除预后差和不利修复的牙，龈上洁治，龈下刮治以清除菌斑，牙石，选用抗菌药控制炎症，咬颌调整等。
2、手术治疗 在控制炎症后为了解决一些因为疾病出现的软组织和硬组织的缺陷，可以将牙龈瓣翻开，直视下进行彻底的清除感染组织，而且可以纠正牙龈及骨的外形，植入自体骨或骨替代材料以及生物膜以期获得牙周组织的再生。
3、修复正畸治疗 对于牙周病引起的牙齿缺失，通过修复手段来治疗。对于牙排列不齐或错合者，也可进行正畸治疗，以建立稳定的平衡合。
4、牙齿保健 主要通过定期复查以维持疗效，这是正规的牙周系统性治疗计划中不可缺少的部分，它是牙周疗效得以长期保持的先决条件。