申请人在申领电子往来港澳通行证时，已采集指纹信息并签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》后，持有电子往来港澳通行证及赴港澳相应签注的持证人，可按规定使用自助查验通道。使用自助查验通道时，要注意以下事项：
内地口岸：对7周岁以上（含）的授权持证人，均允许经自助通道同行，但下列情况除外：（1）对于从同时通航港澳的空港或海港口岸出境的，持证人暂无法使用自助通道。（2）对赴港澳旅游团队，在团队名单表查验政策调整之前，不能使用自助通道。
香港口岸：内地居民持新申领（含重新申请）的电子往来港澳通行证首次到访香港，均须经由人工检查通道入境。此后，对16周岁以上（含）的授权持证人，均允许经自助通道通行。
澳门口岸：对11周岁以上（含）的授权持证人，均允许经自助通道通行。