1、级别不同
科员是我国公务员中最低级别；能够担任法官助理职务的人员情况较复杂，职级也不统一。
2、岗位不同
科员是综合管理岗位；法官助理是专业岗位。
3、考试不同
二者在考试时候是不一样的，一般难以转化的。
扩展资料：
法官助理在法官指导下履行下列职责：
(一)审查诉讼材料，提出诉讼争执要点，归纳、摘录证据；
(二)庭前组织交换证据；
(三)代表法官主持庭前调解，达成调解协议的，须经法官审核确认；
(四)办理承担法律援助义务的律师担任辩护人或者指定法定代理人代为诉讼的有关事宜；
(五)接待案件当事人、代理人、辩护人的来访和查阅案卷材料；
(六)依法调查、收集、核对有关证据；
(七)办理委托鉴定、评估、审计等事宜；
(八)协助法官采取诉讼保全措施；
(九)准备与案件审理相关的参考性资料；
(十)办理案件管理的有关事务；
(十一)根据法官的授意草拟法律文书；
(十二)完成法官交办的其他与审判业务相关的辅助性工作。