对于自制酵素，专家直言“不推荐在家自制酵素”。自制酵素主要是利用水果发酵，但是，自然发酵不易控制，容易造成杂菌污染产生霉素，以及生成其他有害物质。引用这样的“自制酵素”，然而会增加健康风险。
水果在分解发酵过程中，除了酵母菌或乳酸菌繁殖外。还可能混有其他致病菌，很容易发霉。一旦在制作过程中出现霉变，非但不能起到保健作用，还会对健康造成威胁。而且许多人在自制酵素的时候，为了口感往往会在里面加许多的糖。有的中老年人本来血糖控制的就不好，糖吃多了，更容易出现健康问题。自制酵素的溶液中可能含有多种有机醇、有机酸以及活性酶，用旧塑料瓶制作酵素时这些液体可能与塑料瓶发生微量的反应，导致塑化剂等成分溶出。