生化棉和过滤棉首先是颜色上的不同，过滤棉主要是白色的，而生化棉有白色、黑色、绿色等多种颜色；其次是材质上的不同，过滤棉质地软，密度大，生化棉质地硬，孔径大；最后，它们在使用寿命上也有不同，过滤棉一般1～6个月就要更换，而生化棉则不需要频繁更换和清洗。
生化棉是一种使用范围很广的滤材，主要起到生化过滤的效果。适用于海水缸、淡水缸和水草缸等观赏类水族箱。
过滤棉的范围比较广泛，通常所指的过滤棉一般指空气过滤。过滤棉根据材质的不同，可以分为四种类型：合成纤维过滤棉、无纺布过滤棉、玻璃纤维过滤棉、活性炭过滤棉。