细胞内的结构基因并非全部由编码序列组成，而是在编码序列中间插入了无编码作用的碱基序列，这类基因称为断裂基因。
真核生物结构基因，由若干个编码区和非编码区序列互相间隔开但又连续镶嵌而成，这些基因称为断裂基因（split gene）。
在遗传学上通常将能编码蛋白质的基因称为结构基因。真核生物的结构基因是断裂的基因。一个断裂基因能够含有若干段编码序列，这些可以编码的序列称为外显子。在两个外显子之间被一段不编码的间隔序列隔开，这些间隔序列称为内含子。每个断裂基因在第一个和最后一个外显子的外侧各有一段非编码区，有人称其为侧翼序列。在侧翼序列上有一系列调控序列。