1、重茬连作障碍产生的原因:▶第一，单一连作导致土壤养分分布不均衡。某一蔬菜作物对某些营养元素的吸收具有偏爱性，长期连续种植同一种蔬菜，会对这种蔬菜喜好的养分连年吸收，必然导致某些养分的缺乏，而不需要或需要较少的元素相对就会积累过多，土壤内养分分布平衡必然失调。再者，不同蔬菜根系分布深浅不同，长期单一连作，同一深层的根系吸收范围固定，从而造成一定土层营养成分的缺乏。
2、重茬连作障碍产生的原因;▶第二，单一连作使得土壤有害菌增多且顽固。由于长期连作栽培，土壤中的蔬菜根系分泌物及根系残茬腐解物为有害菌提供了丰富的营养和寄主。在长期适宜的温湿度环境下，有害菌数量不断增加，一旦新的根系重新出现便会迅速侵染，从而造成危害。随着连作年限的增加，有害真菌的种类和数量增加，放线菌的含量减少。土壤微生物间的拮抗作用削弱，加重了土传病虫害的发生。土传病虫害是引起连作障碍最主要的因子。引起蔬菜连作障碍70%左右的地块是由土壤传染性病虫害引起的。
3、重茬连作障碍产生的原因;▶第三，根系分泌的自毒物质。某些作物可通过植物残茬腐解、根系分泌等途径释放一些有毒物质，对同茬或下茬同种或同科植物的生长产生抑制作用，这罩脾青槊种现象被称为自毒作用。自毒作用是导致作物产生连作障碍的因子之一。根系分泌物中低分子量的物质，主要是包括苯甲酸、苯丙烯酸、对羟基甲酸、肉桂酸等十余类有毒物质，通过抑制根系对氮、钙、钾等离子的吸收、对水分的吸收、作物的光合作用、蛋白质和ＤＮＡ合成等多种途径来影响作物生长。大量试验表明，酚类物质和某些脂肪酸对植物生长能产生抑制作用。
4、重茬连作障碍产生的原因;▶第四，连作施肥引发的土壤盐渍化和理化性状改变。蔬菜栽培用肥量大，并且由于种植品种单一，肥料的使用也不会多样化。长期大量使用相同类型的肥料，会使得土壤养分变得不平衡，被蔬菜吸收走的中微量元素得不到补充，而大量元素却在土壤中积累严重，就会导致大棚土壤发生盐渍化，最终改变土壤的理化性状，使得土壤出现酸化、盐害。