1、在临床上肾囊肿的治疗需因人因病情而异。对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要活期复查，察看囊肿能否持续增大。无症状的患者应常常实行尿液检验，包括尿惯例、尿培育，每半年至一年实行一次肾功能检验，包括内生肌酐清除率。由于感染是肾囊肿好转的紧要原因，因此若非非常必要，不必实行尿路创伤性检验。
2、当囊肿超过3厘米的时候就需要及时的进行治疗了。 多发性肾囊肿根本在于改变囊壁的血液循环和通透性，使囊内液不断被组织吸收，不断减少，并使其不再分泌。这样，随着囊内液压力下降，囊肿体积不断缩小，使囊肿生长不再活跃，从而完全解除囊肿对周围肾脏正常组织的压迫及后顾之忧，使肾功能逐渐恢复，症状彻底缓解。