1、建槽，在保护地中建一个宽0.8~1.2米，深40CM，长度不限的栽培槽或根据保护地的大小自行选择建造，没有什么标准，做好防水。即可用地下式的，也或用地上式的，皆可。
2、在槽内铺一层约30CM厚的肥沃土壤，或用营养土代替，施入适当充分腐熟的有机肥，如鸡糞、牛糞等，亩施1000KG左右。
3、将槽内浇足水，以水面高出土壤5CM左右即可。
4、水芹一般多用分株的方式繁殖，4月前后，选高度适中、茎干粗壮、节间较短、的植株作种苗，以南京、浙江一带的水芹苗较为有名。将购入的水芹苗按10CM*10Cm 株行距进行定植。
5、水芹很好缓苗，缓苗后，保持土壤潮湿，不缺水即可，尽量维持一定的水面，也可随着水芹的长高，逐渐升高水面，进行白化栽培。
6、在生长过程中，可适当适量追施三元复合肥或其它有机肥。
7、一般植株长到50CM左右高时即可采收。采收不要将根拨出，可从土面上部进行收割，过不多久，水芹又会长出，在槽中进行水芹栽培，可做到像空心菜、筒篙一样一茬一茬的收割，一次种植，周年采收。
8、水芹的病虫害较少，主要防治蚜虫、菜青虫、蛞蝓等。
9、冬季水芹要注意保温，在保护地中维持5℃以上的温度，可以正常生长。