1、首先下载安装自然人税收管理系统，下载好后，进安装，安装过程中注意密码的设置和初始密码的填写，安装后登录。登录进入主界面后，点击<人员信息采集>。
2、点击人员信息采集后，点击<添加>，之后，页面会弹出填写框，输入员工的信息，包括姓名、身份证号码。
3、录入好员工信息后，返回到人员信息采集页面，就可以看到刚刚录入的员工信息后，选中员工信息条，点击<报送>。当身份证验证状态显示<验证通过>后，就说明员工信息采集成功了。
4、员工信息采集成功后，填写申报表。点击主界面的<扣缴所得税报告表填写>，之后，页面会弹出工资薪金录入界面，点击<添加>
5、点击添加后，页面会弹出工资录入对话框，录入员工的工资信息。员工的工资信息录入成功后，在工资录入界面，会显示自己刚刚录入的员工工资信息条。
6、返回到申报系统主界面，点击<申报表报送>，页面会弹出报送选择，勾选报告表，点击<发送申报>。
7、点击发送申报，页面会弹出密码输入框，输入申报密码，点击<确认>。点击确认后，页面会弹出申报反馈信息，如果显示申报成功，则使用自然人税收管理系统申报个人所得税就完成了。
