1、序章：一个神秘的豆子国人一开始可以看到一个奇诺比奥家庭在欢乐的生活，可是，绿色的奇诺比奥却突然变大滚下来……原来是蘑菇王国最近爆发了一种恐怖的疾病Blorbs，碧奇公主已经召开紧急会议了。马里奥和路易基也赶到了碧奇城堡的门口，快进去开会吧！十字键控制方向移动，AB键分别是马里奥和路易基跳跃。这里有一些问号箱不要错过，一旦错过就再也拿不着了。马里奥兄弟赶到后，会议就此召开（路易基竟然开始睡觉）。星星国也派来了一个使者starlow，她听说是一个神秘的豆子国人制造了这场疾病没想到此时库巴竟然来访，还打碎了桌子，马里奥快去打败他！
2、系统操作：1、按键操作 首先给大家介绍一下按键操作： A：马里奥跳/用锤子/对话/确定 B: 路易跳/取消 X:库巴挥拳/确定 Y:库巴喷火/战斗中防御 L:? R:切换按键锤子/跳跃 START:调出菜单 SELECT:查看地图
3、菜单介绍 游戏一开始，会有菜单，不过此时菜单不完全，到后期总共有6个选项，从上到下从左至右分别是： 道具：捡到或者买到的道具 装备：马里奥兄弟们身上的装备 人物状况：人物等级、经验值、HP等等 组合技：马里奥与路易组合技 技能：学会的技能，如游戏开始时候学会使用的绿龟壳以及后来对锤子的强化等技能。 地图：查看地图，另外可以使用快捷键select查看，地图上屏为库巴所在世界，下图为马里奥兄弟所在的地方。
4、战斗系统介绍： 在游戏中上图是库巴的行动，下图是马里奥兄弟的行动。在途中若是遇到敌人，请主动迎击，例如跳到敌人头上或者用锤子攻击(库巴则是挥拳喷火)，这样会在战斗一开始对敌人全体造成一定得伤害。 本作战斗分为两个部分，攻击与反击。在战斗时候，我们所控制的角色头上将会出现选择菜单，共有几种：
5、马里奥兄弟： 红色向上箭头：普通攻击 绿色龟壳：龟壳攻击(游戏初期学习到) 锤子：使用锤子攻击，主要针对带刺的敌人，随即造成敌人眩晕。(游戏初期会捡到锤子) 红绿两个半圆：马里奥兄弟合作，战斗画面右下会出现一个槽，满了后点击，恢复HP(中期获得) 蘑菇：使用道具，补充HP\SP等等 小人：在战斗中逃跑
6、库巴： 拳头：挥拳攻击 气流：连打X吸气将敌人吸进肚子，与马里奥等战斗 火焰：战斗中喷火进行攻击 库巴蘑菇：与库巴军团一起作战 蘑菇：使用道具，补充HP\SP等等 小人：在战斗中逃跑 如在普通攻击时候，跳到敌人头上时，按A将会使出重击并可以跳起进行二次攻击，二次攻击之时，跳起到顶点按A，会再次重击，这样一轮攻击下来，HIT值是普通无效果攻击伤害的双倍。使用锤子攻击时候，请注意攻击时间，错过适当攻击事件，锤头会掉下，伤害值变小。龟壳攻击时，交替按A、B两个键的时间要掌握好，以免自己被龟壳击倒。以上需要掌控时间点的各种攻击方式其实很简单，多练习几次就可以掌握得很好。
