1、一、清洗瓶子或盒子（有的燕窝是盒装）。采用过滤后的网纯净水清洗，重复几次，然后再采用超声波震动，对每个瓶子或者盒子进行清洗。
2、二、隧道式杀菌处理。杀菌温度达到220度以上，同时对盒子或者瓶子中的纯净水以及瓶子或盒子进行再次的杀菌，烘干盒子或瓶子的水分。
3、三、对泡发的燕窝进行再次挑毛。在无菌车间继续用放大镜对燕窝挑毛，挑到干净度为99%时才能进行装盒或者装瓶。
4、四、装好等量燕窝，等待出锅。每瓶或者每盒都装好等量燕窝后，注入冰糖和纯净水，盖好盖子，将燕窝置入无菌炖煮设备中炖煮，抽真空进行压缩，等待出锅。