1、制动飞行和自由滑行阶段：选择合适的速度角度“神决义焕篱舟九号”飞船分离后制动减速进入返回轨道在与“天宫一号”对接后，“神舟九号”飞船跟随太空站升到距地面350千米的轨道上，其运行速度大约为7.692公里每秒。飞船宇航员收到地面指挥中心决定返航的指令后，首先启动分离步骤，将“神州九号”飞船与“天宫一号”分离，成为独立的飞行器。此时，神舟9号仍然在“天宫一号”的轨道上，速度不变。之后航天员需要调整飞船的飞行参数，并启动与飞船飞行方向相反的制动火箭，来减低飞船的飞行速度。飞船速度下降后，其飞行的惯性离心力下降，就逐渐被地球引力向地面拉，飞船就会脱离原来的飞行轨道，进入自由滑行阶段，逐渐过渡到进入大气的轨道。当高度降至距离地面140公里处时，推进舱和返回舱分离，推进舱在穿越大气层时烧毁，返回舱继续下降。进入大气层的“再入角”至关重要 自由滑行阶段虽然无动力，但并非无速度。飞船的减速过程和进入大气层的轨道是经过精确计算的，其主要技术要求是在特定高度获得合适的“再入角”进入大气层。这个飞船返回地面的“再入角”，也就是进入大气层时的飞行方向与当地水平面的夹角，是飞船能否安全返回地面的关键。一般情况下这个夹角不能超过3°。再入角过大，飞船进入大气层的速度过快，会产生飞船自身无法承受的热量而被烧毁，像流星一样坠落地面；再入角过小，飞船又会被“弹回”宇宙空间回不了地面，并且由于飞船自带燃料往往很少，会因为无法完成下一次再入轨道调整而就此飞向太空。1965年，首次实现太空行走的前苏联宇宙员列昂诺夫乘坐的“上升2”号飞船在返航时，就因险些错过最佳的再入角，而使宇航员们惊出一身冷汗，幸亏及时调整到位，才避免了可怕的后果。
2、进入大气层阶段：飞船返回的关键阶段“神舟九号”采用弹道-升力式返回，比较易于控制航天器进入大气层的方式分为睫撮槐攻弹道式、弹道-升力式和滑翔式。早期的飞船多采用弹道式返回的航天器，像炮弹一样，沿着一条很陡峭的路径返回，不能进行落点控制，过载（也就是超重）比较大（可达8g～9g），接近人体所能承受的极限。弹道-升力式返回的航天器一般都采用钟形结构，在穿越大气层时产生一定的升力，因而能够对其飞行轨迹进行一定控制，落点准确度比较高，过载也较小（不大于4g）。美国的“阿波罗”号系列飞船、俄罗斯的“联盟”号系列飞船和中国包括本次“神舟九号”在内的“神舟”号系列飞船采用的都是这种返回着陆方式。此外，航天飞机采用滑翔式返回，因此回归大气层的压力不会超过1.5g，几名航天员甚至曾在大部分的降落过程中保持站立姿势，以展示这种优异的性能。
3、着落阶段：主要旨在保护航天员的安全多种缓冲手段保证飞船低速着陆在距地面40公里左右高度时，飞船就已基本脱离“黑障区”。到大约在距地10千米左右的高空时，飞船的速度已降到每秒330米以下，相当于“音速”。此时，返回舱上的静压高度控制器通过测量大气压力判定高度，自动打开伞舱盖，首先带出引导伞，引导伞再拉出减速伞。此时返回舱速度大约为180米/秒左右，航天员将会受到很大的开伞冲击力。通过减速伞的作用，返回舱的速度下降到80米/秒左右。减速伞工作16秒钟后，与返回舱分离，同时拉出主伞。这时返回舱的下降速度逐渐由80米/秒减到40米/秒，然后再减至8米~10米/秒。