1、实质不同：
过境货物的实质是他国经本国领土运往另一国的货物。包括无需装卸而随原运输工具离境的货物和由国外进口后卸载存放，但未经加工转往国外的货物。
转运货物的实质是由境外启运，通过我国境内设立海关的地点换装另一运输工具后，不经过我国境内陆路继续运往其它国家的货物。
2、具体规定不同：
转运货物的规定：运输工具负责人或其代理人在向海关申报转运货物时，必须持有通运或联运提运单据，并在运输工具载货清单或运单上已注明为转运货物。在进口报关单中注明集装箱号、封志号、出口报关号，最终将进口报关单号填写在出口报关单中。
通运货物的规定：运输工具在到达中国第一个口岸办理联检手续时，运输工具负责人应向海关申报的《船舶进口报告书》或《进口载货清单》上注明有无通运货物如有通运货物需要在船舶装卸货物时需要倒装，船方则应向海关申请，并在海关监管下通行。海关对此类通运货物的管理主要是防止通运货物与其他货物的混卸、误卸，监管其继续运往境外。
3、性质不同：
过境货物的的性质是过境货物包括无需装卸而随原运输工具离境的货物和由国外进口后卸载存放，但未经加工转往国外的货物。
通运货物的性质是运货物自进境起至出境止，属于海关监管货物，未经海关许可不得从运输工具上卸下。运输工具因装卸其他货物需要倒装卸下通运货物时，应向海关申请，在海关监管下进行，并如数装回原运输工具。
参考资料来源：百度百科-过境货物
参考资料来源：百度百科-转运货物
参考资料来源：百度百科-通运货物