1、点：图中每个圆点代表一个pathway的名称。
2、颜色：对于两分组（例如实验组和对照组），红色的点为上调差异基因参与的显著性信号通路，蓝色为下调差异基因参与的显著性信号通路，黄色为上调和下调差异基因都参与的显著性信号通路，对于多分组（例如 组1，组2，组3），由于差异基因不分上、下调，所以紫色的点为差异基因参与的显著性信号通路。
3、连线：用带箭头的实线表示两个信号通路之间的上下游关系，箭头起始端为上游的信号通路，箭头指向端为下游的信号通路，图中我们可以找到最上游的信号通路和下游的效应信号通路。
4、数量：一般显著性信号通路数量建议控制在20-100个左右，数量太少可能会由于信号通路的上下游关系太少连不成网络图，数量太多网络图太大，不便于后续挑选。
5、挑选：根据图中点的大小，找到网络中有相互作用关系数量最多的信号通路，点越大代表与之有上下游作用关系的信号通路数量越多，在网络中越重要，另外，还可根据关注的信号通路或关注的基因所参与的信号通路来挑选。