1、希德书院：系纪念我校杰出女校长谢希德先生。希德书院以紫色为标识色，门匾取字秦汉简帛古隶，出自秦睡虎地、汉银雀山简牍，经配字形成“希德书院”。书院楹联取自湖南衡山集贤书院“立言立功立德，此之谓不朽；希贤希圣希文，人皆可以为。”导师论坛、卿云讲会、书院学生自主社团等是书院特色文化品牌。
2、志德书院：系纪念复旦创始人马相伯先生。志德书院以绿色为标志性颜色，门匾字体为秦篆，秦篆是我国古代汉字统一的标志。书院楹联：“志于道据于德依于仁，而后游于艺；修其身齐其家治其国，必先正其心。” “每月7日书院日”、“志德学子高中行”、“志德登高”、“志德诗文化节”等是书院特色文化品牌。
3、腾飞书院：系纪念复旦老校长李登辉先生。腾飞书院以红色为标志性颜色，门匾字体为汉隶，汉隶的形成极大提高了书写的速度，从而加速了文化传播。书院楹联：“乾始坤承， 通彻古今上下，总是鸢飞鱼跃；静虚动直，浑忘物我内外，无非月满潮平。“腾飞论坛”、“腾飞定向”、“腾飞月”等是书院特色文化品牌。
4、克卿书院：系纪念上海医学院创办者颜福庆先生。克卿书院以蓝薄本窭煌色为标志性颜色，门匾字体为魏碑，魏碑是南北朝时期碑志、雕刻使用的字体，用以树碑立传纪念先贤的尊贵品 格。书院楹胎炎谈巴联：“读书面对圣贤，当知所学何事；立志胸存社稷，但求无愧于心。” “克卿人节”、克卿峰会、书院刊《新卿年》等是书院特色文化品牌。
5、任重书院：系纪念解放后第一任校长陈望道先生。任重书院以橙色为标志性颜色，门匾字体为唐楷，唐楷的出现代表文字从古代演变到了现代。书院楹联：“力学如为山九仞，高 须加一篑；行仁若法海十分，满尚纳千流。”书院学子作词院歌《任重学子志》，“任重沙龙”、任重年华，任重体育周等是书院特色文化品牌
