在《西游记》中菩提祖师消失是因为知道一个三界神佛的秘密，所以玉帝容不下菩提，最终才使其“消失”。
菩提祖师传授给悟空的一招绝技惹怒了玉帝，悟空曾对黑熊精吹牛道：“那山有个老仙长，寿年十万八千高。老孙拜他为师父，指我长生路一条。他说身内有丹药，外边采取枉徒劳。得传大品天仙诀，若无根本实难熬。”
大品天仙诀打破了玉帝对长生不老之术的统领，因为这一法术不用外服蟠桃或人参果，只需要勤加修炼就可以达到长生不老的程度。
如此重要的法术，菩提竟然随便教给了一只猴子，如果这种法术在三界之中流传开来，那谁还会对玉帝的统领认可，谁还愿意在玉帝手下俯首称臣，玉帝控制三界的王牌就会失效，所以玉帝必须让菩提消失。
菩提祖师人物简评：
菩提祖师的的确确是一个真实存在的人物，要不然也解释不了孙悟空那一身惊天动地的本领是从何而来的了。但是菩提祖师这个人的确很神秘，他的出现就不说了，单单是他的消失就让人十分不解。
在菩提祖师教会孙悟空翻天的本领后，就找了个借口把孙悟空给赶走了，自己也功成身退，消失在所有人的视线里。就连方寸山这个大本营都不要了，走的是相当干脆。