1、目前的治疗，像激光、冷冻、光动力等方法大都是将肉眼可见的疣体破坏掉，并未重视致病源HPV病毒的清除，大部分病毒入侵上皮细胞后，皮肤和黏膜已被感染，而这些晾软粪削病毒在机体抵抗力强时，不能或缓慢繁殖，潜伏在机体内，处于亚临床感染状态，形成 “漏网之鱼”，所以当免疫力低下或反复物理摩擦时就有可能长出疣体。
2、在病毒疣医治好后，没有非常好的做好局部卫生，会发现局部潮湿、有炎症、分泌物增多、妊娠、包皮过长、痔疮、合并其它性病等情况下，也会造成病毒疣的反复发作。
3、很多患者因为没有及时发现病毒疣的症状而传染给性伴侣，导致相互感染；有的患者因为自身没有症状，就以为自己没有感染上病毒疣，只是一方接受了治疗，导致再次发生交叉感染，致使病毒疣反复发作。