1、豆子的清洗与挑选挑拣并去除异物、虫眼豆、未熟豆、表皮不完整的黄豆。把黄豆洗干净，注意不要太用力，要保证黄豆的表皮是完整的。
2、豆子的浸泡将黄豆放进容器里，按照1：3的比例加水侵泡黄豆，充分浸泡12～15个小时（夏天10个小时左右）。在浸泡豆子的时要放在阴凉的地方，泡发黄豆到原来的2倍最好。
3、拌料浸泡后的豆子，用篦子等工具，将水控干。舀纳豆菌培养基（1小勺糖和半勺味精）倒入浸泡洗净后的豆子中，搅拌均匀。1小勺=5g。
4、蒸熟将泡好的豆子大火蒸5分钟,小火90分钟左右。豆子熟透为止。
5、纳豆菌的接种趁热将蒸煮好的大豆连同豆汁一起移至清洗并沸水浇烫后的大碗中，上下翻动，冷却到45°度。打开一粒纳豆菌胶囊，胃申赜驵取4分之1的量，用20ml冷开水溶开，倒入蒸好的豆子中3—5滴，用无菌筷或勺充分搅拌均匀，盖上湿纱布，（防止发酵时水滴落入纳豆），放入酸奶机中，内胆的盖子不用盖，盖上机子外面的盖子。并露一角纱布在外面，便于空气的流通。
6、发酵打开酸奶机电源，保温40℃左右，恒温保持20-24个小时进行充分发酵（夏季发酵时间大约为16-20个小时），发酵时间由个人而定，标准为纳豆搅拌一下能拉出很多丝。发酵完成后，还要将纳豆放进冰箱内冷藏一晚，进行熟成，做好的纳豆无论是外观还是口感都会更好。
