1、首先要选择抗病性好的烟叶品种，提高抗病虫害能力。其次是要合理轮作，配合深翻晒土、除杂草与改良土壤的方法来减少病害传染源。
2、育苗用水必须清洁、无污染，基质、育苗盘、材料和棚内器物要严格消毒。剪叶工具要用漂白粉液浸泡消毒，在剪苗前喷抗病毒剂预防，间苗、定苗前要用肥皂洗手，避免交叉传染。
3、加强田间管理，将花叶病株、烟杈及时拔除并深埋，减少病害传染源，减少人为接触传播。
4、科学追肥可以提高抗病性、减缓症状，病株要及时补充适量的速效氮肥、尿素、钾肥、锌肥以及微量元素。
5、严防蚜虫，减少病害的传播。如发现蚜虫，立即用杀灭速度快的抗蚜威进行喷雾；或者可以采用覆盖银色地膜避蚜防病。
6、苗期剪叶前喷施病毒抑制剂（菌克毒克、病毒必克等）来预防病害。栽后30天内用病毒必克 + 植病灵混合按比例兑水喷施三次，能有效控制花叶病的发生。
