1、采样时间：土壤种子库的取样一般分为2个时间段：4缇吾怩舭—5月，在种子没有萌发之前取样；9—10月在种子成熟期后进行取样，这是取样的高峰时段。同时在5月底、6月初和8月底分别进行群落调查，查看植物群落的丰富度及每种植物出现的频率。
2、采样方法：通常在土壤种子库取样方面的研究方法分为2种：随机取样和定点取样。随机取样可选取25 cm×25 cm×20 cm的样方，3次重复；或是随机选取面积为0.5 m×0.5 m、深度为0～5 cm原状土壤。
3、土样预处理：取回的土样在室内先除去大的砾石和粗跟系，再经过一定高温处理进行打破土壤种子休眠，之后将土样均匀铺在萌发用的塑料花盆中（塑料花盆底部预先填上5cm厚的无种子的蛭石或是清洗之后的沙子）
4、萌发试验：置于适宜的环境（温度20℃~25℃）中进行萌发试验，每天适量浇水，并统计出苗情况，标记好每株出苗的植物并作相关统计。待土样中种子发芽并生长到形态特征比较明显时进行植物统计和种类鉴定。