1、超出建筑物有效载荷
在楼顶或者是屋顶进行种菜，往往需要在上面承载土壤。当土壤的厚度达到15公分的时候就会超出建筑物所能够承受的载荷上限，此外还要加上各种工具以及人员的重量。一般的建筑物屋顶和楼顶的有效载荷是150公斤每平方米，所以楼顶屋顶种菜的危害还是蛮大的。
2、造成漏水
如果楼顶和屋顶的防水措施并不好，在楼顶和屋顶进行种菜往往会导致楼顶和屋顶发生漏水的现象。
3、堵塞排水口
在楼顶和屋顶进行种菜，往往会有一些枯枝败叶产生。这些枯枝败叶再伴着泥土往往就会堵塞排水口。在浇水或者是下雨的时候，这些水就会排不出去或者排不干净造成楼顶水分的堆积，时间长了还会造成漏水 。
4、影响周围的邻居
由于是在楼顶和屋顶进行种菜，土壤的肥力往往跟不上作物的需求，这个时候种菜的人就会进行施用农家肥或者是化肥，也会进行打农药防治病虫害，这样就会影响到自己周围的邻居 。
5、危害公共安全
一般的楼顶和屋顶是有着公共消防应急疏散的功能，一旦在楼顶和屋顶进行种菜就会妨碍这些功能的发挥作用 。此外楼顶和屋顶种菜往往会因为枯枝败叶引发火灾，所以为了公共安全还是不建议大家楼顶和屋顶种菜。
