1、对辣椒黄萎病的防治，应采取以耕作栽培防病为基础的综合防治措施，着重抓好下述环节：(1)选育抗病品种，尤应注意在一些抗逆性较强的品种中及重病田中寻找抗病品种或抗病单株。(2)实行轮作，最好实行与水稻轮作。
2、土壤处理，保护地栽培时，可在夏季高温季节利用太阳能进行高温土壤消毒
3、生物防治：预防：在植株缓苗期和初开花结果期用<青枯立克>500倍液沿茎基部进行灌根，7天左右用药1次，每个时期连用2—3次。治疗：<青枯立克>300倍液+<大蒜油>15-20ml对严重病株及病株周围2—3米内区域植株沿茎基部进行小区域灌根，连灌2次，两次间隔1天，根据病情第2次用药后间隔3—5天再巩固用药1次；其余可采用500倍液进行穴灌预防1-2次，间隔3-5天。