1、 传统治疗方法 多年来临床上对脑干出血均采用保守治疗的方法，主要的治疗方式如下：（1）给予呼吸道支持，给予口咽通气管或者气管插管，必要时行呼吸机辅助呼吸，并加强气道管理；（2）行脑室外引流，降低颅内压；（2）应用甘露醇和呋塞米，部分患者联合应用白蛋白以降低颅内压，减轻脑水肿；（3）给予抑制胃酸、保护胃黏膜等治疗，如出现消化道出血积极对症处理；（4）给予清除自由基、保护脑细胞和对症等治疗；（5）昏迷患者给予鼻饲饮食，并加强营养支持治疗，早期进行康复功能锻炼；（6）出现癫痫患者，给予抗癫痫药物对症治疗。
2、 定向穿刺治疗 立体定向手术治疗脑干出血是近年来发展起来的新方法，需要有特殊的器械和设备，且该技术手术时经路长，即经额或额后顶-侧脑室、丘脑前外侧苍白球区-中脑-脑桥，该入路还有可能造成较严重的副损伤，而且存在清除血肿不彻底及止血困难等问题。Backlund在世界上首次报道了采用立体定向技术清除一例脑干血肿，取得了较好结果。其优点是手术可以在局麻下进行，定位精确、操作简单、损伤小，但是对于没有完全液化的血肿很难清除。国内有少量小样本回顾性研究报道。
3、 显微手术治疗 上个世纪80年代，一些学者开始尝试开颅手术治疗，传统的开颅手术因手术器械和再胰咆并技术的限制，手术副损伤较大，手术时间长，术中常常造成颅神经、脑干核团和纤维束的损伤，致使并发症和死亡率居高不下，以致在很长一段时间内甚至于现在，开颅手术被认为对治疗脑干出血无益。大多数作者的报道中，手术死亡率都较高，Fewel和Manno等人报道手术死亡率为40-65%。而也有取得成功的零星案例。在严格选择病例基础上，1982年，O'Laoire等人报道6例接受手术治疗的脑干出血患者，所有患者均有不同程度恢复。1991年，Colak等人报道了3例手术治疗成功的患者，这些患者均完全或者近全恢复，但是这三例病人均出血量相对较小。自1980年以来，有关脑干出血的研究停滞不前。近年来，随着显微神经外科学技术的进步，术中神经导航系统及术中超声的应用使我们对微小的病变做到精确定位；术中核磁成像使我们对病变的切除程度可以在术中反复验证病变切除情况；而术中神经电生理技术的使用加强了手术的安全性；手术显微镜性能的提高。