1、二周目结束后重新进入游戏回到家中，下楼没什么剧情了
2、直接跑到橙华森林中间，这里有入口了（橙华森林地图）
3、进入捕捉Lv.30雪拉比
4、从梦之实验室来到世界狭缝，点最后一个门可以挑战小智
5、小智精灵：Lv.100天蝎王Lv.100赫拉克罗斯Lv.100蜥蜴王Lv.100喷火龙Lv.100皮卡丘Lv.100卡比兽 再次对话是与火箭队的战斗
6、火箭队精灵：Lv.100梅卡阳玛Lv.100双弹瓦斯Lv.100阿柏怪Lv.100大食花Lv.100果然翁Lv.100海月水母 进入梦世界，在梦源镇最下方的房子里睡觉（梦源镇地图）
7、可捕捉Lv.50克雷赛利亚
8、向下进入红莲之窟，这里向上（红莲之窟地图）
9、这个洞口打开了
10、进入可捕捉Lv.30维库提尼
11、 映海市向下冲浪，在这里潜水下去，两个激流中间偏右的位置（映海市地图）
12、这里多了个洞口，进入后在尽头上浮（追忆之渊海底地图）
13、可捕捉Lv.30玛娜菲
14、寒瀑镇冲浪向上走（寒瀑镇地图）
15、尽头捕捉Lv.30凯尔迪奥
16、用魅影水晶传送到月魇镇（月魇镇地图）
17、在这个房子的床上睡觉
18、可捕捉Lv.50达克莱伊
19、月魇镇商店
20、这是不被联盟认可的第九个道馆，恶系
21、馆主精灵：Lv.92玛狃拉Lv.92鬼盆栽Lv.92月精灵Lv.93阿勃索鲁 虽营峒疡胜利后得到TM41恶之波动
22、然后传送到轮回镇
23、这里终于可以过去了，库鲁玛因为输给了主角而产生了迷茫，之后离开了反转世界
24、上前对话后可捕捉Lv.70基拉帝纳
25、回到现实世界，飞到水静市，向上走挑战魅影摩天楼（水静市地图）
26、一疤噜呶买共有六个地区可以挑战，对方PM的等级等于队伍中最高级PM首先去关东地区，挑战顺序为八个馆主，及四天王和冠军
27、小刚，岩石系，精灵为：大岩蛇、隆隆岩、镰刀盔、重甲暴龙、班吉拉、化石翼龙
28、小霞，水系，精灵为：宝石海星、乘龙、电灯怪、水箭龟、海月水母、沼王
29、马志士，电系，精灵为：雷丘、电击魔兽、电灯怪、顽皮弹、自爆磁怪、雷精灵
30、莉佳，草系，精灵为：霸王花、妙蛙花、椰蛋树、巨藤蔓、暴雪王、摇篮百合
31、娜姿，超能系，精灵为：胡地、迷唇姐、巨金怪、椰蛋树、河马王、太阳精灵
32、阿杏，毒系，精灵为：末入蛾、尼多后、毒刺水母、双弹瓦斯、叉字蝠、假面蔷薇
33、夏伯，火系，精灵为：风速狗、喷火龙、九尾、鸭嘴炎龙、火精灵、烈焰马
34、阪木，地面系，精灵为：重甲暴龙、烈咬陆鲨、噶拉噶拉、尼多后、尼多王、天蝎王
35、科拿，冰系，精灵为：呆河马、白海师、铁甲贝、猛犸猪、乘龙、迷唇姐
36、志霸，格斗系，精灵为：柯波郎、路卡利欧、艾比郎、沙瓦郎、怪力、超力王
37、菊子，鬼系，精灵为：叉字蝠、阿柏怪、脱壳忍者、梦魇、夜黑魔人、耿鬼
38、渡，龙系，精灵为：快龙、血翼飞龙、刺龙王、三头龙、双斧战龙、沙漠蜻蜓
39、最后是小茂，精灵为：化石翼龙、怪力、暴鲤龙、椰蛋树、胡地、风速狗
40、作为奖品得到了大师球、神奇糖果、PP最大、圣灰