1、营养不良：众所周知，长期消化不良直接影响胃肠对食物营养物质的吸收，从而导致营养不良。表现在成年人身上就是气虚乏力、面色无光泽、免疫力差，如果发生在青少年身上，则会影响其身体及智力的发育。
2、 慢性胃肠疾病：很多慢性胃肠疾病的前兆就是消化不良，预示个人消化功能出现问题，甚至存在炎症和幽门螺杆菌感染，如果没有及时治疗，则可能进一步转为慢性胃肠疾病，给后期的治疗增加了难度。
3、 增加癌变几率：如果原来就患上慢性胃肠疾病，那么一方面原发病加重消化不良的症状，另一方面，消化不良的症状预示着慢性胃肠疾病的恶化。
4、 导致贫血：一方面是因为消化不良导致营养不良进而发生贫血，另一方面是由于消化不良加重胃肠蠕动障碍，发生便秘便血。还有一方面是由于消化不良的原发病造成的胃肠慢性出血，如胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等。
5、消化不良能引发这么多严重的后果，专家给出了如下几点建议：保持饮食均衡并富含纤维素，例如新鲜水果、蔬菜及全麦等谷类。需细嚼慢咽。
6、 避免吃精制的糖类、面包、蛋糕、通心粉、乳制品、咖啡因、柳橙类水果、番茄、青椒、碳酸饮料、洋芋片、垃圾食物、油炸食物、辛辣食物、红肉、豆类、可乐。减少盐的摄取量。加工食品、垃圾食物及所有乳制品会刺激黏膜分泌过量胃酸，导致蛋白质消化不良。
7、 注意食物的搭配，蛋白质与淀粉、蔬菜与水果不是有益的搭配，牛奶最好不要与三餐同用，糖与蛋白质或淀粉合用也不利於消化。