1、犯罪主体不同。
单位犯罪的主体包括公司、企业、事业单位、机关、团体；共同犯罪可以是二人以上共同故意犯罪嫌疑人，也可以是三人以上为共同实施犯罪而组成的较为固定的犯罪组织，就是犯罪集团。
2、犯罪动机不同。
单位犯罪必须是在单位主体的意志支配下实施的；团体犯罪中，组织、领导犯罪集团进行犯罪活动的，或者在共同犯罪中起主要作用的，是主犯。
3、两罪适用刑罚不同
单位经济犯罪的刑罚适用采取双罚制原则，当单位实施经济犯罪时，既对单位适用刑罚，也对单位的法定代表人或代理人适用刑罚;而共同经济犯罪的刑罚适用，则是根据各个犯罪主体在共同经济犯罪中的地位和作用，确定其刑罚。
参考资料来源：百度百科-共同犯罪
参考资料来源：百度百科-单位犯罪