民族区域自治与一国两制有以下三个区别：
1、设立的地区不同。“一国两制”是中华人民共和国政府在台湾问题上的主要方针，也是香港、澳门两个特别行政区所采用的制度。“民族自治制度”是指在中央政府统一领导下，各少数民族居住的地方实行区域自治，设立自治机关，行使自治权的一种制度。
2、社会制度不同。“一国两制”即“一个国家，两种制度”的简称。“一国两制”指的是在中华人民共和国内，国家的主体实行社会主义，香港、澳门和台湾实行资本主义。民族自治区实行社会主义制度。
3、解决的问题不同。一国两制，即“一个国家，两种制度”，是中国政府为实现国家和平统一而提出的基本国策。民族区域自治是保障少数民族当家作主，管理本民族，本地方事务的权利，有助于缓和民族矛盾，降低管理成本，弥补管理经验的不足。
参考资料来源：百度百科-一国两制
参考资料来源：百度百科-民族自治制度