1、原料不同:全麦面粉中带有外层的麸皮，全麦面粉在掌心搓开，有粉碎的麸皮在里面，有浓郁的麦香味，品质较粗糙。而普通面粉则是指中筋面粉，中筋面粉不带麸皮，品质很细腻。
2、加工方式不同：全麦面粉，采用一种粗加工形式。将小麦去壳以后直接进行全粒磨粉，做出来的面粉就称之为“全麦面粉”。因此全麦面粉里面除了小麦淀粉以外，还包含有糠以及谷胚的成分。普通面粉的加工方式是一种精加工，不仅要除去小麦的种皮，还要把糠以及谷胚也要去除，只保留里面的淀粉成分
3、口感不同：全麦面粉由于几乎保留了原来整粒小麦相同比例之胚乳、麸皮及胚芽等成分，所以无论是用手摸起来还是做成面食成品后吃起来的感觉都是比较粗糙。而普通面粉口感非常细腻，麦香风味也较淡一些。
4、颜色不同:全麦面粉属于粗加工，里面的成分基本上同原来未经加工的小麦相差无几，因此颜色看起来要比普通面粉暗淡很多， 一般呈黑褐色。相反，普通面粉属于精加工，剔除了其中颜色较暗的麸皮、糠以及谷胚，所以颜色看起来比较亮白，一般呈白色。
