1、中文域名和各知识产权之间存在着结构上的不同。各种知识产权都有着自己的登记管理体系。企业名称、字号由所在地的工商机关进行属地管理；商标在国内的注册管理是集中登记，分类是按照行业分类实施的；网站名称则是全国范围内的统一排重，不具体分类。正是由于管理、分类的不同，字号和商标之间的一些问题长期得不到根本性的解决。中文域名的注册管理是根据自身管理上的某些要求而设立的。必然和各类知识产权存在一定的不同。在这种情况下如何求同存异，是解决该领域知识产权保护的一个必须要面对的问题。
2、在中文域名的管理存在着一个管理成本问题。虽然中文域名作为新兴的知识产权，应当在不冲击现有知识产权体系的基础上加以推广，但是任何一种知识产权的保护都要有一定的成本，而且这种成本最终都要转移到每个申请注册的企业身上，保护成本过大，会起到负面作用。如果我们在中文域名的管理上强调万无一失，那么很可能将会使中文域名的发展因为注册手续复杂、成本高昂而裹足不前。
3、缺少完整比对标准。新生的中文域名应当适应已有的知识产权错聂庋堀保护体系，一个简单的思路就是将已有的知识产权登记内容和中文域名的注册实施对接，对每个申请注册的中文域名进行查询比对，一旦发现重复、冲突，自动驳回该中文域名的申请。但是目前多种知识产权之间并没有一个明确的排列、比对的标准，企业名称、字号、商标和网站名称之间本来就存在着不少问题。一个域名同时和几种知识产权相互冲突也完全可能存在，那么哪个知识产权应当首先被保护呢？再有这些知识产权又都是动态的，每天都在发生着变化，进行比对就必须要做到及时更新。目前几种知识产权的分属不同的管理部门，要解决这个难点各部门之间的协调和配合非常重要。