1、迈克尔变的怪物又出现了，赶紧用燃烧器喷它，虽然它也在不断攻击你，但它死得快。在这攻击过程中至少需要12燃料的燃烧器和三分之一的生命值，所以在遇到它之前一定要确保这些条件，否则是没有办法通关的。打倒迈克尔怪物之后，如果药箱数量足够的话可以用掉几份来恢复生命值。
2、上梯子，发现索菲亚不见了，出门发现动力室里响起了警报，鲍勃也不见了。如果之前你没有救下索菲亚的话，她的身体会有触手，外面的鲍勃也会死掉。来到舱门里面，发现设备上显示原子炉发出警告。下梯子，出舱门，回到医务室，看见索菲亚和鲍勃，这时可以跟索菲亚对话。对话中了解到警报响起是原子炉爆炸的警告，推测是约翰干的，他想要完全毁掉这个地方，所以需要去找到克拉克。
3、根据之前最后一次见到约翰时的对话，可以尝试回到水下实验室的入口处（游戏最开始的地方）。来到控制室，发现着抹较氰控制室里也响起了警报，放在桌上的弹夹也不见了，查看第一台电脑（地上有血的那一台），发现水下实验室和潜水艇显示是对接状态。回到最开始的地方，发现约翰瘫在地上，与他对话，了解到教授已经跑到对接的潜水艇上了，约翰的子弹用光了都阻止不了他，但是教授好像不知道怎么操作潜艇，他会选择寄生在船长身上。只有一个办法，到控制室去，锁住潜水艇不让潜水艇离开。这时你需要使用一份药箱给他，不然约翰就会死去。
4、这时候地上的那把枪可以拿了，如果拿了枪的话，路过餐厅的时候会遇到变成怪物的凯恩，用枪打死他即可。不拿枪的话凯恩就一直不会出现。回到控制室，查看第一台电脑，选择lock，锁住痊跬媸应门。来到医务室，发现鲍勃和索菲亚都不见了。出控制室，见到长有教授的头的黄色怪物带着索菲亚和鲍勃，对话中了解到这个怪物好像还有一些教授本人的记忆，可知怪物保留了人类的头脑。最后怪物放下了索菲亚和鲍勃，和你单挑。这时你要打死这个怪物，你也逃不走。打的时候先用杂志打，杂志会被扔到地上，怪物为了获得知识特意保留了人类的头脑，它会一直盯着看那本杂志不攻击，赶紧用燃烧器或者枪打它，最后怪物受伤跑走了（所以如果燃烧器燃料不够了的话之前就必须要拿枪）。
5、这时按理说应该要回到籽谇槐杳潜水艇上去和大家会合了，但是潜水艇还是被锁住的，离不开，所以打跑教授之后还需要回到控制室在第一台电脑那选择unlock才能离开。回到楼梯口，发现约翰不见了，上潜艇。在醑穿哩侬对话中，索菲亚说开潜艇的人死了，但是鲍勃会操作。之后还问你控制室的潜水艇连接状态解锁了没有。鲍勃说潜水艇离开之后，海水会起到冷却液的作用，跟核设备结合会发生爆炸。鲍勃还说他在控制室的时候，发现监控电脑那有问题，有谁想删除监控记录，他及时中止了删除并看了剩下的录像，玛利亚和查尔斯其实都是被约翰杀死的，查尔斯根本没有坏心机……（之前约翰在控制室告诫女主角不要乱动电脑就是不想让女主角发现这里的秘密）鲍勃和索菲亚还表示感谢女主角救了他们一命。
6、接着发现水下实验室爆炸，游戏结束复活次数：0次，结局判定：完美游戏结束后还有一个后记可以点开看，点开之后来到沙滩上，海里冲上来一条死鱼，鱼的体内窜出一条触手，暗示寄生虫并没有完全被消灭……
7、如果上潜艇的时候控制室的电脑并没有选择解锁，就会开启惩罚关：水下实验室的上层也被水淹没，你要一路游回去B栋控制室选择解锁再回潜艇，回来时在下层通道里会再一次碰到教授变的怪物，它会用触手攻击你，不管它，直接走，回到潜艇上。
