有孔虫（学名：foraminifera），是一类古老的原生动物，5亿多年前就产生在海洋中，至今种类繁多。由于有孔虫能够分泌钙质或硅质，形成外壳，而且壳上有一个大孔或多个细孔，以便伸出伪足，因此得名有孔虫。
有孔虫是海洋食物链的一个环节，它的主要食物为硅藻以及菌类、甲壳类幼虫等，个别种的食物是砂粒。有孔虫是浮游生物中重要的组成部分，也是大多数海洋生物的重要的食物来源。
生存环境
现代的有孔虫绝大多数都是海生的，只有少数生活在潟湖、河口等半咸水的环境里，也有极少数广盐性的可以生活在超过正常盐度的咸水里，还有极个别的可以生活在淡水里，如瓶形虫超科中的个别种属。大多数的有孔虫为底栖生活，少数为浮游生物。底栖的有孔虫通常都可以在海底缓慢移动，只有少数固着生长。
影响有孔虫生长、生殖和分布的主要因素是水温、深度和盐分；适当食物的是否易得；基质的性质以及氧气的供给等。现存的海洋有孔虫种群由6个公认的不同动物区系组成，其中4个出现在较暖的海水中，两个在较冷的海水中。