1、科目繁杂，不便于科目管理。为数众多的客户与供应商，要分别建立对应的往来科目。
2、人员工作量大，若出错查询起来十分困难。财务人员每天处理大量原始凭证、记帐凭证，难免遗漏记帐。编制财务帐表及各式分析报表涉及大量凭证和计算，稍有不慎便会遗漏。固定发生的凭证常需要重复制作。难以实时查询所有科目(如：预付款、预收款)余额冲销状况，无法完全做到逐一核对冲帐。外币核算科目期末都要进行调汇，手工计算汇差并制作相应凭证，工作量大。
3、财务资料混乱对于交易金额涉及多个部门(或项目)时，无法明确划分，没有分摊标准，不能将交易金额顺利分配至各部门(或各项目)中。
4、预算管理困难无法对未来资金可能的流入与流出状况进行及时预估，并对资金无法进行有效的调度，影响企业经营方针的制定。预算难以实时控制，费用常常支出失控。
5、财务难以体现经营成果需要将损益类科目期末余额结转到本年利润科目中，手工结转非常麻烦，且易出错。