1、定义不同。
专职辅导员指的是在各级各类的学校里面，把培养和教育学生的专业知识和做人当作基本职责的专业工作者。
而辅导员指的是履行高等学校学生管理工作的职业专业人员，其中大学、专门学院、高等技职业技术学院以及高等专科学校等都被统称为高等学校。
2、任职的资格不同。
要想成为专职辅导员，不但需要具备教师资格证，而且还需要通过教师招聘考试，考试合格的人才能够担任专职辅导员。
要想成为辅导员，则需要通过高校自行组织的考试，通过考试之后就可以担任。
3、工作职责不同。
在许多大学中，高校辅导员是负责管理学生日常工作的人员，就像高中时学生的班主任一样。对于一所本科高校来说，辅导员包括大学辅导员，学院辅导员以及职业学院的辅导员和高等专科学校的辅导员，辅导员任务是帮助学生在大学期间顺利完成学业，并且知道学生更好的生活和自立自强。
专职辅导员，是指教育和培养学生的某一种专门能力而为学生特殊配备的一门辅导员，是从事某一行业的专门工作者。