1、拌肥：1～2公斤菌肥与化肥、复合肥、有机肥或腐熟农家肥混匀后作底肥、追肥，可撒施、沟施或穴施。
2、拌种：用适量水将玉米、大豆、花生等大粒种子淋湿，每亩种子用菌肥0.5～1公斤(压碎)拌匀，腌擀释飙阴干或风干后播种。
3、沾根灌根：每亩用菌肥1～2公斤，压碎并兑水5～8倍，沾根或兑水200-400倍直接灌于根部。注意沾根时勿将附着在根系上的泥土洗掉。
4、喷施：将菌肥溶于适量水中，取其上清液，过滤，充分兑水喷施即可，滤渣可再施于植物根部。
5、冲施：每亩用菌肥1～2公斤与化肥混合，用适量水稀释后，随水冲施。
6、混苗床土：每平方米苗床用菌肥(压碎)300-500克，与苗床土混匀后播种。
7、单施：已施过化肥、腐熟有机肥的土壤，可再单独用菌肥2公斤左右，沟施、穴施、灌根或冲施。