1、种子处理。用药剂拌种是防病的关键，可消灭种子带的病菌并使种苗在生长中不受侵染。
2、可用25%三唑酮可湿性粉剂或12.5%烯唑醇可湿性粉剂以种子重量0.2%的药量拌种，防效很好。
3、也可用25%施保克（咪鲜安）乳油与50%多菌灵可湿性粉剂按1:1的比例混合，再以种子重量0.2%的此药拌种，也有极佳的防治效果。
4、春麦区也可用40%拌种双可湿性粉剂以种子重量0.2%的药量拌种；冬麦区不可用此药，以免引起药害。
5、农业防治。与水稻或蔬菜轮作2年以上，可使土中菌量大大降低，减轻小麦腥黑穗病和秆黑粉病的发生。注意施吹涡皋陕用腐熟无菌的粪肥。此外，冬麦播种不宜过迟，春麦播种不宜过早，播种不宜过深，以利于早出苗，减少土中染病机会。