1、在承包人完成累计金额达到合同总价一定比例（双方合同约定）后，采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣。也可针对工程实际情况具体处理，如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；有些工期较长，如跨年度工程，其预付款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。
2、从未完施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重抵扣工程预付款，至竣工之前全部扣清。其中，起扣点的计算公式如下：
T＝P－M／N
式中T——起扣点，即工程预付备料款开始扣回时的累计已完成工程价值；
M——工程预付款数额；
N——主要材料及构件所占比重；
P——承包工程合同总额。
不含保修金的计算：
例如：某项目的合同价格为100万元，预付材料准备金额为20万元，主要材料和构件的比例为80％，问：起点是多少元？根据扣分计算公式，T＝P－m／N＝100－20／80％＝75万元。项目完成后，将开始扣除该项目预付款。
保修费计算：
如合同约定从承包人每月工程款中按比例扣缴工程质量保证金，则工程预付款起点为T＝P（1－k）－m／N，其中：
T－起点，即预付款中应付的累计工程款（累计完成工程量－相应质保金）；
K－质量保修率；
M——提前准备材料量；
N——主要材料和成分比例；
P－工程承包总价（或建筑安装工作量值）。
例如：某项目合同价格为100万元，预付材料准备金额为24万元，主要材料及零部件占合同价格的60％，质保费为合同价格的10％。
发包人按比例拿着承包人每月的工程款问：多少元为起点？根据推导的计算公式，T＝P（1k）－m／N＝10024／60％（1－10％）＝500000元，当项目的付款金额为500000元（相应数量的完成工作是50／（1－10％）＝555600元），项目的预付款中扣除。