1、颜色不同：
2、南洋珍珠除了圣洁高雅的白色外，还有富含贵族气息的金色，以及神秘魅惑的黑色系（大溪地珍珠）。
3、日本珍珠一般以白色为主，常见有透粉的晕彩色泽。
4、生产国家不同南洋珍珠几乎都是属于海水珍珠，南太平洋地区中包括澳洲、印尼、菲律宾、法属波利尼西亚等地，均产南洋珍珠。除了价值居高的南洋白珠外，最为特别风扉全球的要数金色南洋珍珠和大溪地珍珠（也称为黑珍珠或者黑色南洋珠）。
5、日本的淡水珍珠，出产的淡水珠被称为琵琶珠，目前中国已成为淡水珍珠的生产大国，日本也有大量进口中国的淡水珍珠。而日本珍珠中的海水珍珠，产地主要是日本三重，雄本，爱媛县一带的濑户内海。
6、规格大小不同日本珍珠的直径范围是在7到9毫米之间。
7、南洋珍珠的直径都要在9毫米以上的，珍稀类的南洋珍珠也有达到13毫米以上的，往往个头越大的南洋珍珠，它的价值越高。
8、母贝不同南洋珍珠的母贝则是金唇贝，白蝶贝以及黑蝶贝。
9、日本珍珠它的母贝大部份都是马氏贝，这种贝壳的养殖时间大概在3到4年左右。
10、用途不同日本海水珍珠一般作为珍珠项链。
11、南洋珍珠，被誉为珠宝中的皇后，直径较大，因此一般用于制作珍珠吊坠、耳环、戒指等。
