1、沉淀物堵塞主要是化学肥料及水质沉淀造成。一是滴灌施肥后残留在滴灌管中的有些肥料会发生沉淀，如硫酸钙等，而将滴头流道堵塞。二是如果滴灌水属于硬水，碳酸盐含量偏高，长期使用会在滴灌内管壁生成较多的水垢而堵塞滴头。图片为云飞水肥一体化系统。
2、物理堵塞这是引起滴灌堵塞的主要原因。灌溉水质差，过滤系统又不完善，泥沙等杂物被水泵抽取进入管道及滴灌管后，在通过内镶式滴头锯齿状流道时，杂物将流道堵塞而使滴头无法出水。
3、生物堵塞作物的根系入侵滴灌出水孔，或灌溉水中藻类及其他微生物的生长而引起的堵塞。作物根系的向水性及不均衡灌溉，会导致根系向滴灌出水孔生长，并伸入出水孔造成堵塞。如果灌溉水中藻类等生物含量丰富，滴灌系统又经常结。
