1、二周目内容是真的很短很短的流程，首先我们先传送到华蓝市，然后我们骑着喷火龙或者其他能够飞行的宝可梦来到左侧，在这里飞过河流，让喷火龙在洞口降落，打开宝可梦队伍，选择喷火龙，收回球内即可。
2、挑战这个教练训练师会得到招式60 超级角击，进入华蓝洞窟，先上二楼，然后走到最左侧上方的梯子处，连续下降两层，来到负一层，走到洞窟中心，会遇到超梦，一定要记得挑战之前存档。
3、成功收服超梦后出洞遇到劲敌，劲敌说有个小姐姐也进去捉传说宝可梦了，这个小姐姐就是小蓝。继续进入华蓝洞=洞窟来到之前负一层超梦的地方，此时已经换成了小蓝，看到我们收服了超梦，小蓝会不甘心发起挑战。
4、打败阪木后来到17号道路会触发火箭队剧情钱砀渝测（这个不应该算是二周目剧情了的），火箭队三人组果然是最乐观的人。来到枯叶市洁船诼抨码头会遇到茉莉，与她对话她后离开，可以去石英高原购买mega石，游走世界，训练宝可梦挑战宝可梦大师称号。
