1、柱子填装紧与否对分离效果很有影响，若松紧不均，特别是有断层时，影响流速和色带的均匀，但如果装时过分敲击，色谱柱填装过紧，又使流速太慢。
2、影响层柱子整体渗透速度分布不均，致使色素带不是整齐的环状色素带，进而增长分离各色素的时间，应在装填层析柱前用适量的丙酮润洗一下，后再装入氧化铝时应边加边敲打层析柱使氧化铝殷实，最后用真空抽滤方法，用乙醚进行抽滤至无气泡为止。
3、柱效受柱内外因素影响，为使色谱柱达到字斤谯噌最佳效率，除柱外死体积要小外，还要有合理的柱结构（尽可能减少填充床以外的死体积）及装填技术。即弋讥孜求使最好的装填技术，在柱中心部位和沿管壁部位的填充情况总是不一样的，靠近管壁的部位比较疏松，易产生沟流，流速较快，影响冲洗剂的流形，使谱带加宽，这就是管壁效应。