由于菠菜植株苗的性型比较复杂，故要掌握好留种的技术。
首先观察好菠菜植株苗的性型：一是绝对雄株，只开雄花;二是营养雄株，只开雄花，与绝对雄株比较，基生叶较大，抽薹较迟;三是雌株，仅开雌花，抽薹较雄株迟;四是雌雄同株，花期与雌株相接近。
所以当发现菠菜留种田内有部分植株开始抽薹时，立即将绝对雄株菠菜苗和抽薹早的雌株菠菜苗，以及病株、弱株、杂种株等及早拔除掉，然后追肥一次，用来促使种株多发分枝。
然后还要陆续拔除一部分营养雄株菠菜苗，通常按每平方米留下3到5株与雌株的比例，同时开花的营养雄株可留作授粉用。
再待雌株结籽后，需把全部营养雄株拔除，这样就促进了种籽发育和成熟。
当菠菜苗植株茎叶大部分已枯黄，果皮转呈黄绿色时，便可收割种株。需堆放种株3到5天，让其进行“后熟”。
最后一步：将种株进行脱粒，再晾干便成功的完成了菠菜苗留种了。