1、根据生物分子的大小，选用凝胶过滤（也叫分子筛）。 凝胶过滤是利用具有多孔网状结构的颗粒的分子筛作用，是根据被分离样品中各组分相对分子质量大小的差异进行洗脱分离的一项技术。
2、根据生物分子的带电性，可以使用离子交换色谱技术来纯化。 离子交换是通过电荷间的相互作用进行分离，特别适用于分析电离或能电离的化合物。
3、根据生物分子是否具有疏水性，可以使用疏水相互作用色谱或者反相色谱技术来纯化。 疏水色谱是利用样品分子与阡凫镗杲固定相的疏水力作用的不同，用流动相洗脱时，各组分迁移速度不同而达到分离的目的。 反相色谱法是以表面非极性载体为固定相，以比固定相极性强的溶液作为流动相的一种液相色谱分离模式
4、根据生物分子之间的特异性，可特异的相互识别，选用亲和色谱方法。 亲和色谱也称为亲和层析 ，是一种利用固定相的结合特性来分离分子的色谱方法