1.定义不同
内设机构是指独立机构的内部组织，又称内部机构。政府下辖的各办(办公室、厅)等是内设机构。
直属机构是指政府直接领导下主办各项专门业务的机构，地位低于政府内的各局、委。政府下辖的各科（部、局）等是直属机构。
2.行使职权不同
内设机构没有直接的行政权利，一般不能单独用本机构的名义对外行使职权，通过所从属的独立机构的名义来行使所赋予的职权。比如交通局的人事处，国务院总值班室。
直属机构有直接的行政权利，具有独立职权和专门职责，可以在主管事项的范围内，对外发布命令和指示。
扩展资料：
中直机构
中华人民共和国海关总署
国家税务总局
国家工商行政管理总局
国家食品药品监督管理总局
国家质量监督检验检疫总局
国家广播电影电视总局
国家新闻出版总署
国家体育总局
国家安全生产监督管理总局
国家统计局
国家林业局
国家知识产权局
国家旅游局
国家宗教事务局
国务院参事室
国务院机关事务管理局
国家预防腐败局
国家邮政局