1、实施单位不同。
预算控制是企业相关部门决策的，审计是由第三方来进行的。
2、内容不同。
预算控制就是根据预算规定的收入与支出标准来检査和监督各个部门的生产经营活动 ，以保证各种活动或各个部门在充分达成既定目标 、实现利润的过程中对经营资源进行有效利用 ，从而使成本费用支出受到严格有效的约束。
相关特点：
审计控制是通过审计活动对运用组织资源的业务活动的一种控制或者是业务控制的一种再控制，旨在使之符合组织的目标。其特点可以概括如下：
1、审计控制的目标是合规性和效益性，通过审计控制使组织中纳入审计控制范围的业务活动提高合规性和效益性水平。
2、审计控制的内容是组织的业务活动，而不仅仅是财务活动；只要这些活动利用组织的资源，而不仅仅是资金、资产。
3、审计控制的方式是过程式的，包括事前事中事后；而不是仅仅是结果式的、事后的。
4、审计控制的范围不仅仅是业务活动的结果，更主要的是结果产生的机制。