会清零，以海口市为例。
《海口市新型农村合作医疗实施办法》对其有相应的规定：
第六条 实行每年一次性缴费制度，保障期为1年。农民以户为单位实行每年1次定期缴费制度。每年的筹资时间定为8-10月，农民交纳参合资金后，从次年元月1日起至12月31日享受新农合待遇。
新农合基金实行财政专户管理，收支两条线，专款专用，封闭运行，不得挤占挪用。市合管办要建立健全基金预决算制度、内部财务会计制度和审计制度。
扩展资料：
《海口市新型农村合作医疗实施办法》相关法条：
第十五条 除风险储备基金提取额度外，剩余资金归入统筹基金。主要用于参合农民住院医药费用、门诊（包括大病、慢性病）医疗费用和孕产妇住院分娩等的补偿。
风险储备基金从统筹基金中提取，累计规模保持在当年统筹基金总额的10%。主要用于弥补基金非正常超支造成的基金临时周转困难等。
第十六条 基金使用坚持：以收定支、收支平衡、略有节余、保障适度、实行分级按固定比例补偿的原则。新农合统筹基金用于补偿参合农民住院费用和定点门诊医疗费用。
参考资料来源：百度百科-《海口市新型农村合作医疗实施办法》